Інфекційне відділення надає цілодобово висококваліфіковану спеціалізовану ургентну та планову допомогу хворим інфекційного профілю жителям міста та області, а саме :

• гострі кишкові інфекції, гострі респіраторні вірусні інфекції, трансмісивні інфекції, особливо-небезпечні інфекції, гельмінтози, які потребують стаціонарного лікування;
• хворі з соматичною патологією, які потребують ізоляції на період карантину; – бактеріоносії декретованих груп для санації носійства;
• хворі на ВІЛ-інфекцію/СНІД, в тому числі в термінальних стадіях.

По наказу Департаменту охорони здоров’я та соціальної політики від 25.05.2012р. № 104 „Про профілізацію ліжкового фонду в ЛПЗ міста на 2012р.” в Черкаській міській інфекційній лікарні для надання стаціонарної допомоги виділено 15 ліжок для хворих на ВІЛ/СНІД, з них 2 ліжка для дітей.